Réduire le risque de mammite grâce à la sélection génétique

Un programme officiel de sélection génomique des taureaux s’est mis en place en France dès 2009 (comme aux États-Unis) et la sélection génomique s’est ensuite rapidement développée grâce à la collaboration avec les partenaires du terrain.

En élevage bovin laitier, 80 % des femelles naissent suite à une insémination artificielle et cela a favorisé la diffusion de l’amélioration génétique transmise par les taureaux.

L’utilisation de semences sexées a aussi permis d’accélérer le phénomène ; le sexage permet en effet de produire plus de femelles et donc de sélectionner les plus intéressantes pour le renouvellement du cheptel.

L’intérêt économique de la sélection génétique est également devenu évident lorsque des croisements entre races laitières et races à viande se sont développés, afin de valoriser des veaux.

Les résultats de la sélection génétique sur les femelles sont cependant longs à obtenir : il faut au moins une dizaine d’années pour sélectionner les taureaux qui serviront à l’insémination, attendre que leur semence soit utilisée et observer les résultats sur leurs filles, 2,5 à 3 ans après… Le choix des orientations initiales est donc lourd de conséquences !
 

Il y a souvent opposition entre la productivité d’un animal et sa robustesse. En mettant l’accent sur l’augmentation de la production laitière, on a donc d’abord eu tendance à dégrader les critères liés à la santé de la mamelle, alors que celle-ci revêt une grande importance économique pour l’éleveur. Les mammites sont aussi la première cause de réforme en élevage bovin laitier.

Pour améliorer la santé de la mamelle, la sélection sur sa morphologie (mamelle peu volumineuse, bien accrochée) fut un des premiers critères utilisés en élevage laitier mais il ne suffit pas. Le risque de mammite implique aussi des caractères fonctionnels peu héritables, qui sont aujourd’hui pris en compte dans les index de sélection génétique.

Travailler sur des caractères peu héritables implique de faire des études à très grande échelle : quand quelques milliers d’animaux suffisent pour étudier des caractères très héritables (comme le format), il en faut au moins 10 000 pour étudier des caractères peu héritables ! Beaucoup plus d’informations doivent être collectées pour compenser la forte variabilité phénotypique des mammites cliniques.

L’arrivée de la génomique a cependant permis de grands progrès, en donnant les moyens d'associer certains marqueurs génétiques à des risques particuliers de mammites. La sélection s’effectue sur la base de multiples petits marqueurs génétiques dont la somme, au final, influence les caractères phénotypiques. Il existe en outre un effet cumulatif : ce qu’on a sélectionné chez les parents se transmet aux descendants et, si la sélection est bien conduite, la qualité des résultats s’améliore au fil des générations.

Même si on estime que l’écart-type lié à la génétique n’intervient qu’à hauteur de 2 % dans le risque de mammite, cela signifie qu’il y a quand même une différence de 8 % entre les animaux les moins bons et les meilleurs (aux extrêmes de la courbe) vis-à-vis de ce critère.
 

Deux outils principaux sont utilisés : le nombre de cellules dans le lait et les épisodes de mammites cliniques. L’index « santé de la mamelle » (STMA) fait la synthèse de ces deux informations et permet de prédire la valeur génétique d’un individu.

Comptage cellulaire

La mise en place des comptages cellulaires lors du contrôle laitier date de 1998. Ce critère est intéressant car il existe un lien entre le nombre de cellules et le risque de mammite clinique, et il s’agit d’un caractère plus héritable que celui des mammites cliniques.

Un index basé seulement sur le nombre de cellules est cependant biaisé, car une mammite peut survenir après un contrôle tout en passant inaperçue lors du comptage suivant. L’index doit donc aussi tenir compte des épisodes cliniques.

Mammites cliniques

La collecte d’informations à propos des mammites cliniques au niveau national a débuté en 2004 et les premières évaluations sur le risque direct de mammite clinique dans plusieurs races ont été lancées en 2010. L’enregistrement des données a été organisé avec le contrôle laitier qui devait répondre à la question : « y a-t-il eu une mammite clinique dans l’élevage (oui/non) et si oui quand ? ».

Les données enregistrées par les éleveurs pouvaient être prises en compte dans les évaluations, et des actions ont été menées pour les encourager à enregistrer les cas de mammites, qu’il y ait eu ou non un traitement médical. De grands écarts ont été constatés d’un élevage à l’autre ou d’un département à l’autre, et a donc parfois été nécessaire d’enlever les données des troupeaux quand les enregistrements étaient insuffisants. Il est très rare qu’il n’y ait pas de mammite au sein d’un cheptel !

La qualité des enregistrements s’est progressivement améliorée : les chiffres ont d’abord évolué à la hausse (parce que les relevés étaient plus fiables) mais une amélioration de la situation a aussi été constatée au fil des ans :

• en 2015, 15,1 % des vaches laitières avaient présenté au moins 2 contrôles à plus de 800 000 cellules/ ml et le taux de vaches n’ayant jamais été contrôlées à plus de 300 000 cellules était de 44,6 % (à partir de l’analyse de 2,6 millions de lactations) ;
• en 2021, les chiffres étaient respectivement de 11,1 % et de 54 % ;
• en 2024, ils étaient respectivement de 10,7 % et de 58 %.

Ces bons résultats sont sans doute attribuables à l’amélioration des soins vétérinaires, des conditions de traite etc. mais la génétique a aussi joué un rôle (figure 1). En 15 ans (entre 2008 et 2023), le risque de mammite clinique associé à la génétique a baissé de 4 %.
 

Améliorer les conditions sanitaires dans l’élevage est évidemment très important pour tenter de diminuer la prévalence des mammites en élevage laitier. Comme pour toutes les maladies où l’environnement joue un grand rôle, la génétique n’est ici qu’un levier : il faut travailler sur plusieurs facteurs combinés pour optimiser les résultats.

L’effet positif de la sélection génétique sera d’autant plus visible que l’environnement des animaux sera défavorable. Des études sur l’évolution des comptages de cellules dans le lait montrent par exemple que le pourcentage de résultats supérieurs à 300 000 cellules/ml peut baisser de 4 points si les conditions d’environnement sont satisfaisantes mais si elles ne le sont pas, la baisse peut atteindre 16 % (figure 2) ! Même si cela ne résout pas tout, utiliser la semence d’un taureau améliorateur sur le critère « mammites » est donc particulièrement conseillé dans les élevages où les conditions sanitaires laissent à désirer.

La stratégie de tarissement sélectif et la génétique sont donc complémentaires.