Sur litière, les coccidies trouvent un terrain idéal de conservation, de sporulation et de ré-infestation du lapin. On distingue une dizaine de coccidies intestinales et un type de coccidie hépatique, dont les formes cliniques sont différentes. Les coccidies intestinales les plus pathogènes (Eimeria flavescens et Eimeria intestinalis) peuvent provoquer 50% de mortalité à partir de 3000 - 5000 oocystes infestants.
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